Według informacji zawartych w dokumentach archiwalnych parafii w Łodygowicach, pierwszy drewniany kościółek w Mikuszowicach został wzniesiony około XIII wieku „na roli Macherlikowej i Mierzeczkowej”. Kościółek jednak został zniszczony przez powódź, która corocznie nawiedzała te okolice.
W połowie XV wieku w Mikuszowicach osiedlił się niejaki Maciek Konita, najprawdopodobniej były zbójnik. W 1455 roku na jego zlecenie cieśla nieznanego pochodzenia o nazwisku Mączka wybudował we wsi nowy kościół. Wzniesiona na planie kwadratu budowla była drewniana i nie posiadała dzwonnicy. Patronką nowego kościoła została św. Barbara, czczona jako patronka dobrej śmierci. Po 1520 roku, kiedy luteranizm został uznany za oficjalne wyznanie księstwa oświęcimskiego, do którego należały Mikuszowice, kościół przekształcono w zbór protestancki. W ręce katolików powrócił w 1617 roku. Siedemdziesiąt lat później kościół uległ całkowitemu spaleniu. Powodem pożaru było zaprószenie ognia za ołtarzem podczas uroczystości chrztu. Według innych źródeł przyczyną pożaru było uderzenie pioruna.
fot. Kościół św. Barbary w 2018 r.
W 1690 roku na zlecenie proboszcza łodygowickiego, któremu podlegały Mikuszowice miejscowy cieśla – Piotr Piotrowski, wybudował nowy, obecny kościół. Środki na budowę, której koszt wyniósł 430 florenów zebrano wśród wiernych. Drewno modrzewiowe, z którego wzniesiono nową świątynię zakupił sołtys Mikuszowic – Wojciech Kubica w lasach hrabiego Sunnegha z Bielska. Pierwotnie kościół posiadał osobną dzwonnicę. Jego poświęcenie odbyło się w 1692 roku.
W 1795 roku Mikuszowicami wstrząsnęła wiadomość o likwidacji kościoła św. Barbary. Powodem decyzji o jego zamknięciu była zemsta ówczesnego proboszcza łodygowickiego ks. Teodora Reklewskiego na chłopach mikuszowickich, którzy nie chcieli składać mu dziesięciny. Ponieważ parafia łodygowicka nie wyraziła chęci dalszej obsługi duszpasterskiej kościoła, w 1796 roku sprowadzona do wioski specjalna komisja kościelna uznała świątynię za zbyteczną i zdecydowała o jej likwidacji oraz wystawieniu na licytację. Komisja określiła kościół jako nadający się tylko na opał. Zakładano, że środki uzyskane z licytacji zostaną przekazane na budowę kościoła w Szczyrku. Decyzja o licytacji wywołała wielkie poruszenie wśród mieszkańców, którzy postanowili wykupić kościół. W tym celu doszli do porozumienia z wioskami należącymi do dominium wilkowickiego: Bystrą, Borem Wilkowickim, Meszną i Wilkowicami i wspólnie zebrali 50 florenów na odkupienie świątyni. Kościół stał się ich własnością i wszedł w skład parafii wilkowickiej. W XVIII i XIX wieku kościół był wielokrotnie remontowany i przebudowywany m.in. w 1851 roku wzniesiono nową (obecną) wieżę. W 1894 roku dzięki zabiegom ówczesnego wójta Walentego Fijaka, utworzono na prawach ekspozytury przy kościele nową samodzielną placówkę parafialną w Mikuszowicach Krakowskich – z własnym stałym księdzem. Przez wiele lat starano się w Mikuszowicach Krakowskich o utworzenie odrębnej parafii, jednak dopiero w 1965 roku dekretem metropolity krakowskiego Karola Wojtyły została ona erygowana.
fot. Zachowane płyty nagrobne ze starego cmentarza.
Wokół kościoła zwyczajem średniowiecznym znajdował się cmentarz, który w 1748 roku otoczony został ogrodzeniem z belek. Cmentarz czynny był do 1905 roku. Obecnie z cmentarza zachowało się 10 kamiennych płyt nagrobnych.